La Confraternita oggi è un Ente Ecclesiatico con personalità giuridica, che segue le regole indicate nello statuto approvato nel 2006, è gestita da tre organi: l'Assemblea, il Consiglio Direttivo e il Presidente.

Assemblea
E' composta da tutti i Confratelli soci effettivi ed è l'organo supremo della Confraternita, si riunisce almeno una volta l'anno per verificare l'operato del consiglio direttivo.

Consiglio Direttivo
E' eletto ogni tre anni da tutti i confratelli ed è composto da 15 componenti soci effettivi che collaborano con il Presidente della Confraternita; gli altri 14 componenti sono scelti tra i membri effettivi della Confraternita in sede di assemblea annuale dei soci: il consiglio rimane in carica per tre anni.
Una volta eletto il consiglio, nella prima riunione, nomina a scrutinio segreto i quattro officiali:

Presidente
E' il Legale Rappresentante della Confraternita; membro di diritto è il Parroco della Parrocchia di San Martino di Gubbio (parrocchia a cui appartiene la Chiesa di Santa Croce della Foce).
Priore Laico
Collabora con il presidente e lo sostituisce in caso di assenza
Segretario
Redige i verbali dell’Assemblea e del Consiglio e conserva il libro dei soci e dei verbali
Provveditore
Cura la Chiesa di Santa Croce della Foce e gli altri beni della Confraternita
Camerlengo
Ha l’amministrazione contabile e prepara il rendiconto annuale, collabora con il Provveditore per la gestione dei beni