L’attuale decorazione delle pareti del presbiterio, che risale intorno agli anni 1912-1913, è opera dei pittori eugubini Menichetti Clodomiro e Giulio, che rinnovarono anche tutte le decorazioni dei pilastri e degli archi degli altari laterali.
Sui pilastri, tra i motivi geometrici, si evidenziano in alto dei medaglioni recanti l’effige di otto santi dipinti dall’eugubino Rodolfo Rossi lo stesso che ha realizzato la tela al centro del soffitto del presbiterio raffigurante la Resurrezione
Ai lati del presbiterio due ovati attribuiti dal Lucarelli a Domenico Brozzi e dal Bonfatti a Bernardino Brozzi rappresentano: Gesù deposto dalla Croce e Gesù che cade sotto la croce.
Le due tele sono state restaurate presso l’istituto Statale d’Arte di Gubbio.
Del soffitto del prespiterio è rimasta solamente una tela raffigurante la “Resurrezione di Gesù”: purtroppo intorno agli anni ’70 è andata perduta la decorazione pittorica che dava omogeneità al solaio e collegava cromaticamente lo stesso con le due pareti laterali.
Oggi la fondazione Fondo Ambiente Italiano ha concesso un contributo alla Chiesa di Santa Croce della Foce, a seguito del censimento I Luoghi del Cuore, e la Confraternita sarà in grado di effettuare il restuaro e la ricostruzione pittorica del soffitto in base alla documentazione storica d’archivio.
I lavori sono stati effettuati nell’estate del 2018 dalla ditta Ikuvium RC Restauri di Gubbio.