L’apparateo ligneo dell’altare maggiore, databile intorno al 1689, è opera dell’intagliatore Carlo Magistretti di Lugano, commissionato dai Priori Troiano Carbonana e Agostino Steuchi.
La bella macchina d’altare è caratterizzata da quattro colonne tortili, decorate con girali di rami di alloro, terminanti con capitelli compositi che reggono una trabeazione con timpano spezzato accartocciato sormontato da due angeli.
Le colonne creano lo spazio necessario per la nicchia centrale, contornata da una ricca cornice di foglie e frutta, sormontata al centro da un coronamento con lambrecchini e punti.
L’intagliatore eugubino Dominico Valli operò per completare l’altare: a lui si devono le ali laterali con i due portonali d’ingresso alla sagrestia e le due colonne tortili, decorate con girali di foglie d’acanto: agli intagliatori subentrarono gli indoratori Simone e Vittorio Sarzi.
All’interno della nicchia sono collocate le due immagini, il Crocifisso e la Vergine Addolorata, che stanno al centro dei momenti di partecipazione intensa alle liturgie della chiesa confraternale, soprattutto nella processione del Venerdì Santo dove sono fatti segno di un deferente omaggio di tutti gli eugubini con un rituale e partecipato, fatto di silenzi, di preghiere, di riflessioni.